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生物信息数据分析讲座

来源: suncitygroup太阳集团 武汉轻工老员工物与制药工程学院 时间:2014年10月21日 00:00 编辑: 点击:

本周五10月24， 高通量测序生物信息培训讲座，有兴趣的可以参加，上午9点开始，下午4点结束。生化楼412。


专题一：生物信息数据分析平台的构建（9:30-10:30）理论+上机

1. Linux在生物信息中的应用

2. 生物信息分析中常用的Linux命令

用户权限介绍;软连接和硬链接介绍;环境变量配置介绍

3. 生物信息分析平台的初步建立

4. 生物信息云平台介绍及使用方法

5.生物信息基本技能

6. Linux Shell编程入门

专题二：转录组数据分析解读及实例操作（11:00-12:30）理论+上机

1. 介绍转录组数据分析的整体流程：包括de novo转录组分析、有基因组reference的转录组分析、microRNA分析等。

2. 转录组分析经验交流：包括测序量如何选择；测序质量如何评估；如何根据自己的实际情况选择mapping/denovo assembly软件；如何从转录组数据寻找生物学问题。

3. 基于二代RNA-seq的差异基因分析（参照序列）：

主要利用tophat和cufflinks,cuffdiff以及cummeRbund等工具，实现reads的mapping, 转录本的重构，转录本的表达量计算，差异基因分析以及利用cummeRbund图形化展示cuffdiff的分析结果。GO、KEGG富集等功能分析。

专题三：基因组学数据分析解读及实例操作（13:30-16:00）理论+上机

1. 分析工具介绍

2. 平台数据介绍

3. 基因组常规分析和深度分析

4. 全基因组/外显子组测序分析介绍

5. 通过对NGS工具的安装、配置、运行来熟悉Linux环境下的生物信息分析软件；

6. 重测序的分析流程；

原始测序数据的质控及过滤估、拼接组装、SNPCalling等分析过程；FastQC、BWA、Samtools等工具的使用；

注意：学员可自备笔记本电脑。
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